Conscient du potentiel de ce modeste comptoir commercial situé entre le désert, les montagnes et la mer, Youssef ben Tachfine, brillant stratège almoravide et conquérant de l’Espagne, entoura Marrakech de remparts en 1062. Son fils, Ali ben Youssef, réalisa des merveilles en matière d’embellissement de la ville et d’amélioration de ses systèmes d’irrigation. Il fut toutefois incapable de résister aux Almohades, une tribu berbère rivale, dont le chef avait été chassé de La Mecque pour ses violentes diatribes contre · les pèlerins qu’il ne trouvait pas assez pieux. Les Almohades s’emparèrent de Marrakech en 1147 et rasèrent la première mosquée de la Koutoubia, mal alignée avec La Mecque selon eux, mais sans toucher à la Koubba Ba’adiyn. Sous le règne du chef almohade Yacoub el-Mansour ("le Victorieux"), Marrakech devint une capitale impériale, qu’il dota d’une casbah fortifiée, de nouvelles mosquées (la Koutoubia rebâtie et la mosquée de la casbah), de somptueux jardins (notamment ceux de la Ménara et de l’Agdal), de kissarias (marchés couverts) et d’une porte monumentale (Bab Agnaou). Conquise par 1 les Mérinides, qui lui préférèrent Meknès et Fès, Marrakech redevint un simple comptoir commercial après deux siècles passés comme capitale. Lorsque les Saadiens en prirent le contrôle au début du XVIe siècle, la ville était ravagée par la famine.